Intenzitu osídlenia dnešného chotára obce dokladujú už praveké nálezy. Chotár obce bol intenzívne osídlený v mladšej a neskoršej dobe kamennej. Rozsiahlejšie sídlo z tohto obdobia sa nachádza v časti Za kostolom I. Toto sídlisko patrí do obdobia kultúry s lineárnou keramikou a lengyelskej kultúry. Ďalšie nálezy dokumentujú osídlenie v mladšej dobe kamennej a strednej doby bronzovej. Z tohto obdobia pochádza kostrové pohrebisko v lokalite dnešného poľnohospodárskeho družstva. Od 16. Stor. mala v tomto priestore sídlo - kúriu a majer zemepanská rodina Onory. Súvislejšie stredoveké osídlenia priamo v strede dnešného intravilánu obce dokladajú nálezy črepov z polovice 13. Storočia.
Nižná sa pomerne neskoro uvádza v zachovaných písomných prameňoch, zato dosť skoro sa datuje písomná pamiatka zo samotnej Nižnej. Je ňou list Adama Onoryho z 5. Marca 1549, adresovaný trnavskému richtárovi Wolfgangovi Mairovi, v ktorom žiada, aby Trnava poslala do Nižnej kata, pretože chce potrestať nejaký zločin. Onory sľubuje, ž kata dá priniesť späť do Trnavy. Zvláštnosťou na tomto liste je to, že je prvou písomnou zachovanou zmienkou o obci Nižná. List tiež potvrdzuje i tvrdý výkon súdnej právomoci zemepána Onoryho. A tak touto smutnou Popolcovou stredou roku 1549 začína písaná kronika Nižnej. V tomto období od začiatku 16. Storočia Nižnú vlastnila spomínaná rodina Onoryovcov. Zemiansku kúriu zo 16. Storočia, ktorá sa dodnes zachovala, postavil Ladislav Onory.
Po častých a ničivých portitureckých vojnách bola Nižná začiatkom 17. Storočia takmer úplne zničená. Okolo roku 1688 Onoryovci vymierajú, Nižná pripadla kráľovskej komore a v roku 1688 ju kúpil Krištof Erdödy za 10 000 zlatých. Dedina sa tak stala na takmer 250 rokov súčasťou Dobrovodského panstva.
